Гуравдагч этгээд МУИС нь анх 1942 онд үүсгэн байгуулагдаж, Боловсролын сайдын 1992 оны 10 дугаар сарын 26-ны өдрийн 476 дугаар тушаалаар Үндэсний их сургууль статустай болж, 2006 онд хуулийн этгээдийн бүртгэлд Монгол Улсын Их Сургууль нэрээр улсын бүртгэлд бүртгэгдсэн бөгөөд 2012 оны 12 дугаар сарын 25-ны өдөр Оюуны өмчийн газарт хандан MNU болон МUIS гэсэн үгэн тэмдэгтүүдэд эрхийн хамгаалалт хийлгэхээр 12278, 12279 дугаартай мэдүүлгийг гаргасан байна. Харин нэхэмжлэгч МҮИС нь анх 1998 онд анх “Чандмань-Эрдэнэ” нэртэй үүсгэн байгуулагдсан коллеж нь 2002 онд  “Монголын үндэсний коллеж” нэртэй болсон, 2004 онд тус коллеж нь “дээд сургууль”-ийн ангилалд орсон тул “Монголын үндэсний дээд сургууль” гэж нэрээ өөрчилсөн, 2012 онд Боловсрол, соёл, шинжлэх ухааны сайдын тушаалаар “Монголын үндэсний дээд сургууль”-ийг “их сургуулийн ангилал”-д хамааруулахаар шийдвэрлэж, 2012 оны 8 дугаар сарын 14-ний өдөр тусгай зөвшөөрөл олгосон байна. Улмаар МҮИС НҮТББ нь 2013 оны 12 дугаар сарын 13-ны өдөр болон 2017 оны 03 дугаар сарын 29-ний өдрүүдэд Оюуны өмчийн газарт хандан MNU тэмдэгтэд эрхийн хамгаалалт хийлгэхээр, 2015 оны 10 дугаар сарын 14-ний өдөр Оюуны өмчийн газарт хандан MNU, MUIS  тэмдэгтүүдэд эрхийн хамгаалалт хийлгэхээр, мөн 2017 оны 03 дугаар сарын 29-ний өдөр эрхийн хамгаалалт хийлгэхээр тус тус мэдүүлгийг гаргасан боловч Оюуны өмчийн газраас татгалзаж шийдвэрлэж байжээ. Иймд МҮИС НҮТББ-иас МУИС-ийн барааны тэмдгийн гэрчилгээ, бүртгэлийг тус тус хүчингүй болгуулахаар дээрх нэхэмжлэлийг гаргажээ.